یكی از فرایندهایی كه در مراكز تحقیقاتی و پژوهشی بسیار مورد توجه است، فرایند طرح های تحقیقاتی است. طرح های تحقیقاتی توسط اعضای هیات علمی و دانشجویان دانشگاه ها و مراكز تحقیقاتی به این مراكز ارسال می شوند و در صورتی كه سامانه ای برای این فرایند وجود نداشته باشد و فرایندها به صورت دستی انجام شوند، كاربران سامانه اعم از اساتید، دانشجویان و كارشناسان مراكز مربوطه دائما درگیر فرآیندهای كاغذی و سنتی خواهند بود.
یكی از زیر سیستم های كه در پژوهشیار از ابتدای تهیه و تدوین این سامانه بسیار مورد توجه قرار گرفته، زیر سیستم طرح های تحقیقاتی است. این زیر سیستم با داشتن قابلیت های متعددی باعث پویا سازی فرایندها و حذف بسیاری از عملیات های دستی و جایگزینی آن ها با فرایندهای اتوماتیك و الكترونیكی شده است.
در این قسمت از سامانه همانند سایر قسمت های پژوهشیار، روندها، فرم های اطلاعاتی و شروط مربوط به فیلدهای اطلاعاتی به صورت كاملا مبتنی بر وب توسط راهبر سیستم كه می تواند یكی از كارشناسان مركز مربوطه باشد تهیه و تدوین می شود.
وجود زیر سیستم گزارش ساز، سیستم مدیریت مالی و همچنین اتصال به سامانه های حسابداری از عمده ترین وجوه تمایز پژوهشیار با سایر سامانه هاست.